在全體人類中，有壹個人想法不同，因此就強迫他保持沈默，這是不對的。這和他以和自己的想法不同為由強迫其他人保持沈默壹樣，同樣令人難以接受。——約翰·斯圖爾特·穆勒《自由論》
穆勒在1859年撰寫的《自由論》中，超越原有觀念開創了自由論。以前的自由論偏重於國家和個人的關系。政治思想家們關註的焦點，是以天賦人權、主權在民的思想為基礎，打破專制權力，設計出把統治者和被統治者統而為壹的民主權力結構。
美國的獨立宣言和法國大革命成為古典自由主義擴散的催化劑。半個世紀後，盡管民主政治體制取得了進步，但穆勒仍然看到了個人自由沒有得到充分保障的現實。他認為，每個人通過追求自己所希望的人生而得到的“個性”，既是人能有尊嚴地活著的核心因素，也是幸福的源泉。他認為，只要不加害於他人，就能得到尊重，不受他人的幹涉，這就是自由的本質。
穆勒關註了在自由受到侵害的結構下個人和社會的關系。“當社會為了錯誤的目標或不應幹預的事情行使權力時，其橫暴的做法比政治鎮壓更為可怕。”穆勒擔心出現“多數人的暴政”，即在“人民的意誌”的名義下，或借國家之手，或通過非權力作用，個人的自由被多數人壓迫。
穆勒壹再強調，要協調社會性和個別性，保障個人的自由。尤其是在政治領域，如果對民主主義的理解是“因為是多數所以正確”或者“因為正確才有多數”的數字支配理論的水準的社會，那麽“自由論”就有超越時代的適當性。《自由論》敦促我們要自行警惕，寬容和妥協是否失去立身之地，思考、表達和學術的自由是否在“正義”“國民意願”的名義下受到壓制，是否強迫保持整齊劃壹。
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